“직원은 수십만원, 임원은 수백만원? ‘차별’ 건강검진비, 세금부과 가능”

삼성 금융 계열사 세무조사서 건강검진비 과세 논란국세청, 이미 20여년 전 내부 기준 세워“임직원 동일한 건강검진비용은 비과세”“직원-임원 비용 차별, 사회통념 감안해 과세 판단” 등록 2026-11-11 오전 6:00:03 수정 2026-11-11 오전 6:00:03 가 가 [세종=이데일리 김미영 기자] “건강검진 관련 법률 등에 따라 모든 임직원에 건강검진을 실시하는 데 따른 비용은 법인의 손금으로 임직원의 근로소득에 해당하지 않는다. 다만 직원은 기본검진을, 임원은 종합검진을 하는 등 임직원의 검진내용에 차별을 두고 실시함에 따라 발생하는 비용 차액이 임원의 근로소득에 해당하는지 여부는 검진범위, 검진내용 및 비용의 차액 등 건전한 사회통념 등을 감안해 사실판단해야 한다.” 국세청이 삼성그룹 금융 계열사에 대한 세무조사에서 회사가 지원한 건강검진비를 근로소득으로 판단하고 세금을 추징하면서 과세 기준을 둘러싼 논란이 불거졌다. 이러한 가운데 국세청은 이미 20여년 전 임직원간 검진비용의 차액이 있을 경우 과세할 수 있다는 내부 방침을 세웠던 걸로 확인됐다. 예컨대 임직원 모두 동일하게 1인당 20만원 한도로 건강검진을 제공했다면 비과세 대상이나, 임원에 대해서만 검진 한도를 높여줬다면 사회통념 등을 감안해 과세 여지가 있다는 입장을 견지해왔다는 의미다. 10일 세무업계에 따르면 국세청은 지난해 말 실시한 삼성 금융계열 A법인 세무조사에서 회사가 지원한 건강검진비를 근로소득으로 판단하고 2022~2025년 귀속 근로소득세 약 6억 6000만원을 추징하겠다고 통보했다. 근로자가 건강검진비 지원 혜택(소득)을 받았지만 A법인이 원천징수를 하지 않았기 때문에 원천징수 세액을 법인에 부과한 것이다. A법인은 국세청의 과세 처분에 불복해 조세심판원에 심판을 청구한 상태다. 회사 측은 건강검진비가 직원에게 현금으로 지급된 것이 아니라 병원에 직접 지급됐고, 근로자가 이를 다른 용도로 자유롭게 사용할 수도 없다는 점 등을 들어 근로소득으로 볼 수 없다고 주장하는 것으로 알려졌다. 건강검진은 근로자의 건강을 관리하기 위한 복리후생이자 사업상 필요한 지출이라는 논리다. 그러나 과세당국이 문제 삼는 건 건강검진비 자체가 아닌, 차별적 지급으로 보인다. A법인의 경우 직원 1인당 지원하는 종합검진비는 평균 약 60만원 수준으로 알려졌다. 이는 ‘평균’일 뿐, 직원은 수십만원짜리를 받은 데 비해 임원들은 수백만원짜리 검진을 받은 ...